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# bedtools

> 유전자 분석 작업을 위한 도구의 swiss-army knife. BAM, BED, GFF/GTF, VCF 형식으로 데이터를 교차, 그룹화, 변환 및 카운트하는 데 사용.
> 자세한 정보: <https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/>.

- sequence의 strand를 기준으로 두개의 파일을 교차하고 결과를 {{path/to/output_file}}의 경로에 저장:

`bedtools intersect -a {{path/to/file_1}} -b {{path/to/file_2}} -s > {{path/to/output_file}}`

- 외부 조인이 왼쪽인 두개의 파일을 교차, 예시. {{file_1}}에서 각 기능을 보고하고 {{file_2}}와 겹치지 않으면 NULL:

`bedtools intersect -a {{path/to/file_1}} -b {{path/to/file_2}} -lof > {{path/to/output_file}}`

- 더 효율적인 알고리즘을 사용하여 두개의 사전 정렬된 파일을 교차:

`bedtools intersect -a {{path/to/file_1}} -b {{path/to/file_2}} -sorted > {{path/to/output_file}}`

- 첫 3열과 5열을 기준으로 {{path/to/file}}을 그룹화하여 6열을 요약:

`bedtools groupby -i {{path/to/file}} -c 1-3,5 -g 6 -o sum`

- bam-formated 파일을 bed-formated 파일로 변환:

`bedtools bamtobed -i {{path/to/file}}.bam > {{path/to/file}}.bed`

- {{file_2}}.bed와 가장 가까운 {{file_1}}.bed에서의 모든 기능을 찾고,그들의 거리와 추가 열을 기록 (입력 파일 정렬 필요):

`bedtools closest -a {{path/to/file_1}}.bed -b {{path/to/file_2}}.bed -d`