2019-01-24 21:39:11 +00:00
# bedtools
> Un coltellino svizzero di strumenti per analisi genomica.
> Usato per intersecare, raggruppare, convertire e contare dati in formato BAM, BED, GFF/GTF, VCF.
2019-06-03 01:08:35 +01:00
> Maggiori informazioni: <https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/>.
2019-01-24 21:39:11 +00:00
- Interseca i fili genetici delle sequenze contenute in due file diversi e salva il risultato:
`bedtools intersect -a {{percorso/al/file_1}} -b {{percorso/al/file_2}} -s > {{percorso/al/file_output}}`
- Interseca due file unendo il risultato a sinistra, ovvero riporta ogni feature da {{file_1}} e NULL dove non c'è sovrapposizione con {{file_2}}:
`bedtools intersect -a {{percorso/al/file_1}} -b {{percorso/al/file_2}} -lof > {{percorso/al/file_output}}`
- Usa un algoritmo più efficiente per intersecare due file precedentemente ordinati:
`bedtools intersect -a {{percorso/al/file_1}} -b {{percorso/al/file_2}} -sorted > {{percorso/al/file_output}}`
- Raggruppa file in base alle prime tre e la quinta colonna e raggruppa la sesta colonna sommandola:
`bedtools groupby -i {{percorso/al/file}} -c 1-3,5 -g 6 -o sum`
- Converti da formato BAM a BED:
`bedtools bamtobed -i {{percorso/al/file}}.bam > {{percorso/al/file}}.bed`
- Trova per tutte le proprietà in {{file_1}} la più vicina in {{file_2}} e scrivi la loro distanza in una ulteriore colonna (i file in input devono essere ordinati):
`bedtools closest -a {{percorso/al/file_1}}.bed -b {{percorso/al/file_2}}.bed -d`
